La porción terrestre del Archipiélago de Espíritu Santo forma parte del Área de Protección de Flora y Fauna Islas del Golfo de California, que incluye a más de 900 islas e islotes, las cuales suman aproximadamente el 50% del territorio insular nacional; mientras que la zona marina que la rodea comprende el Parque Nacional Zona Marina del Archipiélago de Espíritu Santo, decretado el 10 de mayo de 2007.

El archipiélago está formado por dos islas mayores, La Partida al norte y Espíritu Santo, y por tres islotes que están ubicados frente al litoral occidental de la isla Espíritu Santo, llamados La Ballena, El Gallo y La Gallina. También lo conforman cuatro promontorios rocosos: Los Islotes, ubicado al norte de la isla La Partida, y otros tres sin nombre oficial. En conjunto la extensión del archipiélago es de aproximadamente 105 kilómetros cuadrados.

La zona marina protegida consta de una superficie total de 48,654-83-10.41 hectáreas, está integrada por dos polígonos generales, el primero conocido como El Bajo de Espíritu Santo con una superficie de 905-43-04.34 Ha y el segundo conocido como Espíritu Santo con una superficie de 47,749-40-06.07 Ha. Siendo en este último polígono en donde se ubican tres zonas núcleo: Los Islotes, Bahía San Gabriel y la zona marina comprendida entre Punta la Bonanza y Punta Lobos.

El Archipiélago de Espíritu Santo es, en su totalidad, un sitio de interés. Su aislamiento, origen volcánico, belleza escénica, especies de flora y fauna, los contrastes entre el mar y desierto, cautivan a quién lo visita. La tranquilidad de sus numerosas playas y lo prístino del entorno, son sus principales atractivos. Sus atributos pueden ser disfrutados de diversas formas. Observando su flora y fauna a bordo de una embarcación (yate, velero, panga o kayak), caminando a través de los senderos autorizados, o descansando en sus más de veinte playas destinadas para la recreación y el campismo.